A 3ª Temporada começa três anos após o término da segunda temporada, que mostrou o atentado contra o presidente Palmer, embora, não o tenha vitimado. A maioria dos personagens continuam com sua vida normalmente. Jack Bauer segue trabalhando para a UCT e co-dirige a unidade junto com Tony Almeida, Jack exerce o cargo de diretor de "operações de campo", e tem um novo companheiro, Chase Edmunds, um jovem impulsivo que trará alguns problemas a Jack. Kim Bauer agora também trabalha na UCT.A libertação forçada de um traficante para que evite-se um ataque com uma arma viral contra a população norte-americana, é o início que acarretará em alguns problemas desta temporada.Até então, essa foi a única temporada onde o final foi, de certa forma, feliz, mesmo com todas as mortes durante o dia.

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