A nova temporada começa com Jack Bauer diante do Congresso americano sendo julgado por suas ações no passado, como parte de uma investigação sobre a CTU, que foi desativada, não sendo mais uma agência governamental. Mas tudo deve mudar quando o FBI entra em cena e tira Jack do julgamento para ajudar a impedir um ataque à rede de segurança que controla toda a infra-estrutura americana, principalmente por ele conhecer o responsável: Tony Almeida, seu antigo colega dado como morto. Agora, Jack e a agente Renee Walker têm que correr contra o tempo para encontrar e impedir Tony de prosseguir com seus planos, enquanto outros agentes do FBI e os antigos parceiros de Jack, Chloe O'Brian e Bill Buchanan, também auxiliam a dupla, com uma agência clandestina de segurança que investiga uma conspiração no governo.
Já, na Casa Branca, a nova Presidente dos EUA Allison Taylor, junto com seu Chefe de Gabinete, Ethan Kanin, além de terem que lidar com o iminente ataque em seu país, terão uma outra difícil situação em mãos, quando o ex-Primeiro Ministro de um país africano, Ule Motobo, e sua esposa são sequestrados enquanto visitam os EUA, um atentado que pode estar ligado com o genocídio promovido pelo General Juma na África. Já o Primeiro-Cavalheiro Henry Taylor, marido da presidente, deverá investigar o desaparecimento de seu filho Roger, cuja namorada parece ter algum envolvimento na situação.

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